嘉興市食品工業協會成立于1985年，是嘉興市早成立的行業協會之一。當時協會是事業編制的官辦機構，和嘉興市食品工業公司（后來和嘉興市輕工公司合并為嘉興市輕工業局）二塊牌子一套班子，協會前三屆的理事會、常務理事以上主要負責人極大部分為國家政府工作人員。2007年3月根據有關文件精神，嘉興市食品工業協會在人員、經費等多方面正式與政府機關（市經貿委）脫鉤，換屆選舉產生全部由食品工業企業領導擔任的第四屆協會理事會，并聘請了專職工作人員組成秘書處，成為完全市場化運作的社會團體。2017年11月市經信委下文，又脫鉤了主管單位關系。
2007年嘉興市食品工業協會轉制后發展很快，會員企業從當初的50多家發展到目前已超過370家。
協會建有黨支部、監事會、專家組、通訊員隊伍、勞動爭議調解委員會、食品文化研究室，會計電算化、網站、QQ群、微信群、簡報等，運行規范門類齊全。
協會活動豐富活躍，細分行業研討會、主題培訓班、各類考察學習、組織展銷會、年會等；認真完成政府委托的各項任務：端午裹粽大賽、企業誠信管理體系建設、黃酒品酒師職業技能競賽、裹粽工職業技能競賽、食品行業調研等服務于企業；積極發揮政府與企業之間的紐帶橋梁作用，把企業的訴求呼聲反饋給政府部門，把國家的政策，包括產業發展、食品安全要求等告訴企業，推動嘉興食品行業健康發展。協會工作也得到社會和企業的認可，嘉興市政府領導多次對協會進行批示，對協會工作給予肯定并進行指示。經過嚴格的考核，2009年協會被評估為“AAAA”級社會組織，2012年又晉升為等級的“AAAAA” 級社會組織，2017年到期后又通過復審繼續保持“AAAAA”級社會組織榮譽稱號；2010年度被嘉興市委、市政府授予“嘉興市社會組織”稱號，并在市三級干部大會上受到表彰，多年來榮獲嘉興市行業協會（商會）工作評價一等獎，協會黨支部也多次被評為先進基層黨組織。